対象となる干潟を代表するような景観・特徴的な環境など、複数（2〜3箇所）の調査エリアを設定する。

• 調査エリアの潮間帯の幅が100m超の場合はエリア内に2〜3調査地点を設け、狭い場合は1調査地点として歩き回ってカバーする。
• 植生帯について、狭い場合は1調査地点に含め、広い場合は独立した調査地点とする。
• 人工構造物や海草の育成がある場合は、それらへの依存種も含めて記録する。

調査は干潟表面および掘り返しの2パターンを行う。1グループ8名で行い、うち1名もしくは他の1名が調査リーダーとして進行管理を行う。1調査地点につき、1人あたり約50ｍ四方の範囲で探索する。

• 表在ベントスを15分間探索する。このとき転石・漂着物の下や間隙も含める。
• 埋在ベントスは1回につき直径約15cm、深さ約20cmの掘り起こしを1回として15回、干潟底土を掘り起こしてベントスを採集する。
• それぞれを別のポリ袋に入れて保管する。固着生物や同定の確かな生物は捕獲せず、記録だけでもよい。
• 生活痕跡（棲管・巣穴・糞塊・殻など）を記録する(右図)。ただし貝殻は波浪などによる移送の可能性もあるため除外する。

調査が終了したら、各人がポリ袋の中のベントスを取り出し、ふるいなどで洗浄した後バットに取り出して同定する。

• 記録された生物はそれぞれが表在・埋在を分けて記録シートに記入する。生活痕跡も別に記録する。
• 同定に標本が必要なものがあるので、各種数個体を標本として保存する。80％程度のエタノールで固定し、固定液ごとポリ瓶などに収容し、採集地点および採集年月日・採集者名を記録したラベルを瓶表面に貼付する。同時に耐水紙に同内容を記入して瓶に封入すると良い。